W sezonie Apertura 2006 Padilla zdobył ze swoim zespołem mistrzostwo Meksyku, a w 2007 roku dotarł do finału najbardziej prestiżowych rozgrywek kontynentu, Pucharu Mistrzów CONCACAF, natomiast pierwszego gola w najwyższej klasie rozgrywkowej strzelił 30 sierpnia 2008 w zremisowanej 1:1 konfrontacji z Morelią.
Latem 2009, nie potrafiąc wywalczyć sobie miejsca w wyjściowym składzie, Padilla odszedł na wypożyczenie do satelickiego zespołu Chivas, amerykańskiego CD Chivas USA. W Major League Soccer zadebiutował 22 sierpnia w wygranym 2:0 spotkaniu z Toronto FC, natomiast premierowego gola w nowym klubie zdobył 3 października tego samego roku w pojedynku z DC United, także wygranym 2:0. Ogółem barwy Chivas USA reprezentował przez półtora roku, przeważnie wybiegając na ligowe boiska w wyjściowej jedenastce, lecz nie odniósł z tą ekipą większych sukcesów. W lipcu 2011 udał się na kolejne wypożyczenie, tym razem do meksykańskiego drugoligowca CF La Piedad.