Pierwsze plany budowy i zabiegi mające na celu wzniesienie świątyni zaczęły się jeszcze w 2002 roku. W sierpniu 2003 roku rozpoczęto przygotowywanie formalności oraz zwrócono się do władz o wydanie potrzebnych zezwoleń. Budowa rozpoczęła się w 2004 roku. W uroczystym wmurowaniu kamienia węgielnego wziął udział ordynariusz diecezjy Nowego Nachiczewanu i Rosji, Ezras. Początkowo planowano, że świątynię uda się oddać do użytku do 2006 roku. Miało się to zbiec z obchodzonym w 2006 roku na terenie Federacji Rosyjskiej Rokiem Armenii. Kościół miał zostać poświęcony św. Janowi Chrzcicielowi, zwanemu w tradycji ormiańskiej św. Janem Karapetem (Janem Prekursorem).
Sama budowa sfinansowana została, oprócz źródeł kościelnych, głównie ze zbiórek pieniędzy przeprowadzanych wśród wiernych. W 2005 roku ogłoszono, że kościół znalazł się na liście obiektów, których budowę wspiera gubernator obwodu swierdłowskiego, Eduard Rossel. Władze różnego szczebla nie tylko nie utrudniały budowy kościoła, ale jeszcze wyrażały swe poparcie dla tej idei, chcąc podkreślić, że Jekaterynburg i obwód swierdłowski są miejscem w którym spotykają się różne kultury i religie. W październiku 2008 roku gubernator Rossel spotkał się z budowniczymi kościoła by poznać szczegóły dotyczące budowy.