z diecezji Cuzco odłączono również: 1 lipca 1547 diecezję paragwajską (obecnie archidiecezja Asunción w Paragwaju) - w przybliżeniu tereny dzisiejszego Paragwaju, Argentyny i Urugwaju 27 czerwca 1552 diecezję La Plata (obecnie archidiecezja Sucre w Boliwii) - w przybliżeniu tereny dzisiejszej Boliwii i części Chile.
1 sierpnia 1598 biskup Cuzco Antonio de Raya Navarrete, wypełniając postanowienia soboru trydenckiego, erygował diecezjalne seminarium duchowne.
W kolejnych wiekach na terytoriach biskupstwa Cuzco powstały: 20 lipca 1609 diecezja Ayacucho (obecnie archidiecezja Ayacucho) 7 października 1861 diecezja Puna 5 stycznia 1900 prefektura apostolska San Domingo de Urubamba (obecnie wikariat apostolski Puerto Maldonado).
23 maja 1943 Piusa XII bullą Inter praecipuas wyniósł diecezję Cuzco do godności arcybiskupstwa i stolicy metropolii.
W XX w. archidiecezja Cuzco traciła część parafii na rzecz nowo powstałych: 28 kwietnia 1958 diecezji Abancay 10 stycznia 1959 prałatury terytorialnej Sicuani 29 kwietnia 1967 diecezji Callao.
W lutym 1985 archidiecezję odwiedził papież Jan Paweł II.