W 1958 roku został wybrany przez ówczesnego premiera António Salazara na kandydata na prezydenta rządzącej Unii Narodowej. Nominacja spotkała się ze sprzeciwem opozycji i wystawieniem własnego kandydata – Humberto Delgado. Początkowo wydawało się, że wybory zakończą się pewną wygraną Tomása. Według oficjalnych wyników Tomás otrzymał 52,6%, a Delgado 23,5%. Większość obserwatorów wyborów uznała, że Delgado wygrałby wybory, gdyby te nie były sfałszowane. Salazar w obawie o przegraną swojego kandydata w kolejnych wyborach, przeforsował zmiany w konstytucji przekazującej wybór prezydenta członkom Parlamentu, który był wówczas mocno kontrolowany przez reżimhttp://dre.pt/pdfgratis/1974/04/09701.pdf.

Tomás został ponownie wybrany na stanowisko prezydenta w 1965 i 1972 roku.

W 1968 Salazar doznał wylewu krwi i został odsunięty od władzy. Tomás wybrał Marcelo Caetano na funkcję premiera. Jednak nigdy nie konsultował swego wyboru z Salazarem. Salazar do śmierci w 1970 roku był przekonany, że cały czas sprawuje urząd premiera.