W tym miejscu do lat 80. XIX wieku istniał dwór zarządcy Czyżyn, który miał się wówczas spalić. Opodal ronda znajdowała się zwrotnica kolejowa na zlikwidowanej na początku lat 70. linii kolejowej nr 111 (Kraków Główny – Kocmyrzów), od której odchodziła linia do Mogiły. Do 2024 roku zachowały się elementy infrastruktury tej linii kolejowej jak fragment nasypu kolejowego i stary znak przejazdu kolejowo-drogowego (Krzyż świętego Andrzeja). W tym miejscu powstał prywatny akademik.
W latach 2014–2015 został przeprowadzony generalny remont Ronda Czyżyńskiego w ramach szerszej inwestycji polegającej na przebudowie całego ciągu komunikacyjnego ulic Mogilskiej i alei Jana Pawła II od Ronda Mogilskiego do Placu Centralnego. W ramach tych prac zostały gruntownie zmodernizowane jezdnie dla samochodów, torowiska tramwajowe i rozjazdy, przystanki tramwajowe przesunięto na wyloty skrzyżowania (dotychczas znajdowały się one przed wjazdem na skrzyżowanie), gruntownej przebudowie uległy przejścia podziemne i uzupełnione zostały brakujące fragmenty infrastruktury rowerowej na węźle. Uzupełniono również brakujące relacje skrętne dla tramwajów.