W 1963 roku został mianowany docentem Katedry Mineralogii i Petrografii Akademii Górniczo-Hutniczej, w 1972 roku profesorem nadzwyczajnym, zaś w październiku 1978 roku otrzymał tytuł profesora zwyczajnego. Poza AGH wykładał również na Wydziale Biologii i Nauk o Ziemi Uniwersytetu Jagiellońskiego. Był autorem ponad 100 prac naukowych, współautorem kilku skryptów i książek, w tym wspólnie z profesorem Andrzejem Bolewskim podręcznika Petrografia (1974). Był członkiem zespołów redakcyjnych pisma „Mineralogia Polonica” oraz serii „Geologia” „Zeszytów Naukowych AGH”. Należał do Polskiego Towarzystwa Geologicznego, Polskiego Towarzystwa Mineralogicznego, Polskiego Towarzystwa Gleboznawczego, Polskiego Towarzystwa Gemmologicznego. Był przez kilka kadencji wiceprzewodniczącym Komisji Nauk Mineralogicznych krakowskiego oddziału Polskiej Akademii Nauk.
Od 1967 żonaty z Marią Wirską (zm. 2009), również wykładowcą Akademii Górniczo-Hutniczej.
Był odznaczony między innymi Krzyżem Kawalerskim Orderu Odrodzenia Polski (1976), Medalem KEN. Został pochowany na cmentarzu Rakowickim.
Bibliografia Włodzimierz Jan Parachoniak na stronie AGH Wiesław Heflik: Włodzimierz Jan Parachoniak (1920–1997). „Annales Societatis Geologorum Poloniae”. Vol. 67 (1997), nr 4.