Podczas swojego pobytu w tym klubie nie zdołał sobie jednak wywalczyć na stałe miejsca w wyjściowym składzie.
Latem 2011 Peña został zawodnikiem drugoligowego Club León na mocy współpracy pomiędzy obydwoma zespołami (posiadającymi wspólnego właściciela – Grupo Pachuca). Tam przez pierwsze sześć miesięcy był głównie rezerwowym, lecz później został kluczowym zawodnikiem drużyny. W wiosennym sezonie Clausura 2012 wygrał z nią rozgrywki Liga de Ascenso, co na koniec rozgrywek 2011/2012 zaowocowało awansem Leónu do najwyższej klasy rozgrywkowej. Tam zawodnik dołączył do grona czołowych pomocników ligi meksykańskiej i w jesiennym sezonie Apertura 2013 zdobył z prowadzoną przez Gustavo Matosasa ekipą swoje pierwsze mistrzostwo Meksyku. On sam został wówczas wybrany najlepszym piłkarzem rozgrywek w plebiscycie magazynu "Récord". Sukces w postaci tytułu mistrzowskiego powtórzył również pół roku później, podczas sezonu Clausura 2014, zaś w sezonie Apertura 2015 dotarł do finału krajowego pucharu – Copa MX. Ogółem barwy Leónu reprezentował przez cztery i pół roku, będąc gwiazdą ligi i jedną z ważniejszych figur w historii klubu.