Rozpoczęto też prace nad tworzeniem projektu nowej konstytucji bazującej na ówczesnej konstytucji kubańskiej.

Nowy hiszpański gubernator Fernando Primo de Rivera nie widząc szans na zakończenie walk z rebeliantami podjął decyzję o zawarciu pokoju z Filipińczykami. W rozmowach, po stronie hiszpańskiej wziął udział adwokat Pedro Paterno, który przez cztery miesiące podróżował w obie strony na linii Manila – Biak-na-Bato. W dniach 14–15 grudnia 1897 r. obie strony podpisały pakt w Biak-na-Bato umożliwiający amnestię dla wszystkich biorących udział w rewolucji. Przywódcy powstania mogli bezpiecznie udać się na wygnanie do Hongkongu po uprzednim wypłaceniu im wysokiej kwoty pieniężnej. Po zawarciu porozumienia Aguinaldo i 25 wysokich rangą dowódców z kwotą 400 000 Pesos udali się do Hongkongu. Na skutek toczonych dalej walk w innych rejonach kraju, Hiszpanie nie wprowadzili jednak amnestii generalnej i nie wypłacili kolejnych rat pieniężnych.