Etaty oficerskie, a przede wszystkim komendantów i kierowników referatów, obsadzano w miarę możliwości oficerami służby poborowej wywodzącymi się z armii przedwrześniowej. Etaty uzupełniano ludźmi niebędącymi fachowcami w sprawach poboru, ale oddanymi „władzy ludowej” i wyznaczano ich na stanowiska zastępcy komendantów RKU do spraw polityczno-wychowawczych.
W drugim etapie do maja 1945, na podstawie rozkazu Naczelnego Dowództwa nr 10/Org. z 20 stycznia 1945, sformowano kolejne RKU w województwach: warszawskim, kieleckim, pomorskim, krakowskim, łódzkim, śląskim i poznańskim. Wkrótce siecią RKU został objęty cały obszar Polski sięgający po granicę polsko–niemiecką sprzed 1939. W połowie 1945 sieć terenowych organów administracji wojskowej liczyła już 58 komend.
W trzecim etapie do wrzesień 1945 powstała sieć rejonowych komend uzupełnień na terenach „Ziem Odzyskanych”. 17 września 1945 weszło bowiem w życie rozporządzenie ministrów obrony narodowej i administracji publicznej regulujące zasięg terytorialny rejonowych komend uzupełnień w Polsce. Dotychczasowe komendy zostały zniesione, a na ich miejsce utworzono nową sieć administracji wojskowej liczącą 122 rejonowe komendy uzupełnień.