primary ridge) przebiega przez środek korony, dzieląc ją na dwie symetryczne połówki – inaczej niż u Batyrosaurus, u którego krawędź ta dzieli ząb asymetrycznie na większą część mezjalną (położoną bliżej środka łuku zębowego) i mniejszą część dystalną (położoną dalej od środka łuku zębowego). Ostatnia różnica dotyczy budowy koron zębów wyrastających z kości zębowej. U Batyrosaurus dystalna krawędź korony jest pochyła u podstawy korony; wygląda to tak, jakby krawędź korony została ściśnięta palcami. Na powierzchni tej pochyłości u Batyrosaurus występują małe ząbki – podobnie jak u iguanodona, Altirhinus i Penelopognathus. Pochyłość ta nie występuje u baktrozaura, eolambii, Protohadros, telmatozaura i Euhadrosauria; występuje ona u probaktrozaura, ale jej powierzchnia jest u niego gładka.
Stan zachowania czaszki B. rozhdestvenskyi umożliwił autorom jego opisu wykonanie odlewu mózgu zwierzęcia, jak również odlewu jego ucha wewnętrznego. Mózg Batyrosaurus ogólnie bardziej przypomina budową mózgi krokodyli niż mózgi ptaków czy pterozaurów, co jest typowe dla ornitopodów. B. rozhdestvenskyi miał w uchu wewnętrznym duże kanały półkoliste;