W 1938 po raz drugi startowała w rozgrywkach Pucharu ZSRR.
Po rozpoczęciu II wojny światowej Fabryka Parowozów, która już produkowała czołgi, została przeniesiona na Ural do miasta Niżny Tagił. Wszelkie rozgrywki sportowe zostały zawieszone. Dopiero po wyzwoleniu Charkowa od niemieckich okupantów w sierpniu 1943 Zakład maszyn transportowych został przywrócony do Charkowa w 1945 roku. W kwietniu 1946 roku nowo utworzony zespół Traktor wywalczył w turnieju z charkowskimi drużynami Zdorowja Traktor Sim i Dynamo miejsce w przyszłych rozgrywkach Mistrzostw ZSRR. Następnie w maju 1946 roku już jako Dzerżyneć debiutował w ukraińskiej strefie Grupy III Mistrzostw ZSRR, zwyciężając najpierw w swojej grupie Wschód, a potem plasując na trzeciej pozycji w finale ukraińskiej strefy. W 1947 roku nastąpiła reorganizacja systemu lig ZSRR i klub razem z Łokomotywem otrzymał prawo reprezentować miasto na poziomie drugim mistrzostw ZSRR, w których zajął 9.miejsce w ukraińskiej strefie Grupy II. W 1948 zespół został sklasyfikowany na 7.pozycji w podgrupie A ukraińskiej strefy Grupy II, a w 1949 awansował na 6.pozycję w klasyfikacji ukraińskiej strefy Grupy II. W 1947 i 1949 również brał udział w rozgrywkach Pucharu ZSRR.