Scenariusz, zatytułowany wstępnie Green Inferno, napisał Gianfranco Clerici. Współpracował on wcześniej z Deodatem przy Zapomnianym świecie kanibali i Domu na skraju parku, który premierę miał jednak dopiero po Nagich i rozszarpanych. W scenariuszu znajdowało się wiele scen, które ostatecznie nie znalazły się w finalnej wersji, w tym jedna, w której Janomamowie odcinają nogę wojownikowi Szamatarich, żeby nakarmić nią rzeczne piranie. Podjęto próby nakręcenia jej, jednak kamera do zdjęć podwodnych nie działała prawidłowo, a ekipa miała też problemy z kontrolowaniem piranii. Deodato ostatecznie zrezygnował z realizacji tej sceny, a zachowały się z niej jedynie zdjęcia. Pierwotna wersja Ostatniej drogi do piekła, mająca przedstawiać żołnierzy przedostających się na pozycje wroga, również nie została wykorzystana w filmie. Zamiast niej Deodato zdecydował się wykorzystać istniejące już nagrania egzekucji politycznych, żeby jeszcze bardziej podkreślić podobieństwa do filmów Jacopettiego. Imiona postaci pojawiających się w pierwszej wersji scenariusza, Mark Williams i Shanda Tommaso, w filmie zostały zmienione na Mark Tomaso i Faye Daniels.