Zabytki buddyjskie przetrwały w niektórych miejscach do dziś, w tym naścienne malowidła i manuskrypty.
Prześladowanie zachodnich religii rozpoczęło się w 843 roku i pierwszą religią, która padła tego ofiarą był manicheizm. W 840 Ujgurzy zostali pokonani przez Kirgizów i dlatego skończyło się poparcie dla Ujgurów i ich religii. Islamizacja rozpoczęła się już w IX wieku.
Podczas trwania Imperium mongolskiego, Ujgurzy mogli się cieszyć wolnością wyznania, co sprzyjało pluralizmowi religijnemu. Ujgurzy wyznawali wtedy islam, buddyzm, nestorianizm. Jednak w XVI wieku cały Sinciang wyznawał już islam.
Święta, które obchodzą Ujgurzy, to m.in. Id al-Fitr i Id al-Adha. Podczas obchodów obecne są nie tylko pieśni i tańce, ale także łapanie owiec, zapasy, oraz wyścigi łyżwiarskie i narciarskie.
Kultura Manichejczycy i nestorianie przedstawili elementy kultury zachodniej Ujgurom, m.in. greckiej, centralnej i wschodniej Azji, a także malarstwo naścienne i sztukę iluminacji.
W czasie panowania dynastii mongolskiej, istniały dwa ośrodki kulturalne: islamski z centrum w Kaszgarze oraz buddyjski z centrum w Turfanie. W obszarze kultury islamskiej używano języka arabskiego, natomiast w buddyjskim staroturecki (ujgurski) był nadal w użyciu.