Przykłady Jodłowy bór świętokrzyski Zaleca się stosowanie transektów pasowych o długości 200 m i szerokości 10 m. Wyznaczone transekty (prostoliniowe lub o kształcie dostosowanym do topografii siedliska) zaznacza się na mapie (najlepiej w skali 1:10 000). Na końcach transektu i w środku wykonuje się zdjęcia fitosocjologiczne powierzchni 10×10 m, które opisuje się podając współrzędne geograficzne środka, wysokość n.p.m., nachylenie, ekspozycję, zwarcie, średnią wysokość poszczególnych warstw roślin i inne. W transekcie ocenia się liczbę osobników poszczególnych gatunków (według skali Braun-Blanqueta) oraz określa się charakterystyczne wskaźniki struktury i funkcji zbiorowiska z użyciem skali FV/U1/U2 (właściwy/niezadawalający/zły). Na obszarach Natura 2000 wykonuje się badania nie rzadziej niż raz na 3 lata w trzech obszarach, w tym jednym – wyznaczonym w najlepiej zachowanym płacie siedliska (obszar referencyjny).
Zalewy i jeziora przymorskie (laguny) W przypadku monitoringu zalewów i jezior przymorskich (lagun) zaleca się wyznaczanie transektów, zwykle o wymiarach 50×30 m, w których wyodrębnia się trzy strefy głębokości: 0–0,25 m (A), 0,25–0,5 m (B) i 0,5–1 m (C). Ze względu na małą przejrzystość wody i występujące często pasy szuwarów zaleca się, aby oceny wykonywał ekspert z uprawnieniami nurka.