Serwer Domino R6 wspomaga także microsoftowy IIS (Internet Information Server), umożliwia udostępnianie usług aplikacji Domino użytkownikom z obecnymi serwisami MS IIS. Domino Server może współpracować z takimi systemami jak: DB2, Oracle, Sybase, SQL, SAP. Aplikacja Domino Server udostępnia administratorom możliwość wykonywania uaktualnienia programów cc:Mail/Organizer, MS Mail, MS Exchange, Novell GroupWise i Netscape Mail. Administrator ma możliwość importowania kont użytkowników z katalogów Windows NT oraz innych pracujących w standardzie LDAP. Pliki w środowisku Domino, odpowiadające za naszą pocztę mailową, książkę z adresami, telefonami i innymi informacjami, mają rozszerzenie nsf (np. jkowalski.nsf – plik ze skrzynką mailową, names.nsf – plik z adresami do korespondencji, telefonami itd.). Istnieje możliwość zbudowania klastra na dwóch różnych systemach operacyjnych.
Serwer Domino R6 (premiera w 2002 roku) jest dostępny na następujące platformy systemowe: Windows 95/98/NT/2000 Mac OS 8 i Mac OS 9 IBM AIX, AS/400, S/390, OS/2 Linux (Intel) Solaris (Sparc oraz Intel) HP-UX
Od sierpnia 2005 dostępna wersja 7.x zintegrowana z innymi produktami IBM takimi jak WebSphere Portal, DB2, systemem IBM Workplace.