Struktura dżetów w obiektach HH jest niejednorodna i obserwuje się w nich kolejne pojaśnienia. Ponieważ ich rozmieszczenie jest na ogół dosyć symetryczne po obydwu stronach gwiazdy macierzystej (tj. w dżecie zbliżającym się do nas i w oddalającym się), można przypuszczać, że powstawanie tych zagęszczeń jest raczej wynikiem niejednostajnej aktywności u źródła dżetów, a nie oddziaływania z ośrodkiem. Niektóre obiekty HH są związane z gwiazdami typu FU Orionis, których rozbłyski są związane z pojaśnieniami dysku akrecyjnego otaczającego protogwiazdę. Pojaśnienia te mogą być spowodowane niestabilnością termiczną rozwijającą się w obszarach częściowej jonizacji wodoru, a także być skutkiem perturbacji dysku wywołanej ruchem gwiazdy-towarzysza po ekscentrycznej orbicie. Proponuje się, że powstawanie i struktura rozległych fal uderzeniowych w obiektach Herbiga-Haro może mieć związek z cyklicznymi rozbłyskami gwiazd typy FU Orionis.