W 1997 był bliski powtórzenia tego sukcesu, lecz tym razem Inter przegrał finał z FC Schalke 04. Paganin wystąpił w obu meczach finałowych. W Interze rozegrał 151 spotkań (108 w lidze, 24 w europejskich pucharach i 19 w Pucharze Włoch) oraz strzelił dwie bramki (1 w lidze i 1 w Pucharze Włoch). W 1997 został zawodnikiem Bologny. W latach 2000–2002 był zawodnikiem w Atalancie BC. W Atalancie pożegnał się z Serie A, w której w latach 1992–2002 w Serie A Paganin rozegrał 255 spotkań, w których zdobył 3 bramki. W latach 2002–2003 występował w drugoligowej Sampdorii, a 2003–2005 w Vicenzy. Karierę zakończył w greckim Akratitosie w 2006.
Sezon Klub Kraj Rozgrywki Mecze Bramki 1986/87 Bassano Virtus 55 S.T. Serie D 2 0 1987/88 ACF Fiorentina Serie A 0 0 1988/89 ACF Fiorentina Serie A 0 0 1989/90 AC Reggiana 1919 Serie B 3 0 1990/91 AC Reggiana 1919 Serie B 6 0 1991/92 AC Reggiana 1919 Serie B 36 1 1992/93 Brescia Calcio Serie A 30 1 1993/94 Inter Mediolan Serie A 16 0 1994/95 Inter Mediolan Serie A 28 0 1995/96 Inter Mediolan Serie A 32 1 1996/97 Inter Mediolan Serie A 31 0 1997/98 Bologna FC Serie A 31 1 1998/99 Bologna FC Serie A 17 0 1999/2000 Bologna FC Serie A 22 0 2000/01 Atalanta BC Serie A 25 0 2001/02 Atalanta BC Serie A 23 0 2002/03 UC Sampdoria Serie B 6 0 2003/04 Vicenza Calcio Serie B 38 0 2004/05 Vicenza Calcio Serie B