Urząd objął 27 lutego 1963. Bosch, jako człowiek o lewicowych poglądach, od samego początku nie budził sympatii rządu Stanów Zjednoczonych, który obawiał się istnienia na Karaibach rządu o lewicowym charakterze. 29 kwietnia uchwalił nową konstytucję, która miała demokratyczny i liberalny charakter. Dokument wzbudził sprzeciw w środowisku ziemian (ze względu na ograniczenie systemu latyfundiów), Kościoła katolickiego (za świecki charakter konstytucji), wojska (obawiającego się ograniczenia uprawnień) i przemysłowców (uznali że zbyt sprzyja ona robotnikom). Niepokój budziła również rządowa reforma rolna. W rezultacie 25 września 1963 wojsko przy poparciu wspomnianych grup społecznych przeprowadziło zamach stanu i obaliło Boscha. Prezydent udał się na wygnanie na Portoryko.
W kwietniu 1965 tzw. ruch konstytucjonalistyczny, kierowany przez młodych oficerów — zwolenników Boscha, podjął zbrojną próbę przejęcia władzy. Stany Zjednoczone wykorzystały bunt do wojskowej interwencji która wsparła rząd. W 1966 pozwolono mu na powrót do kraju. Bezskutecznie wystartował w wyborach prezydenckich tego samego roku. Po wyborczej porażce dobrowolnie udał się na emigrację do Hiszpanii. Do ojczyzny wrócił w 1970. W 1973 założył Partię Wyzwolenia Dominikany.