Cechą szczególną wyróżniającą dystrybucje Linuksa spośród innych systemów operacyjnych, a w szczególności systemów Microsoft Windows, jest sposób instalowania nowych aplikacji. Dystrybucje posiadają centralne repozytorium z pakietami reprezentującymi poszczególne programy zbudowane i przygotowane przez twórców dystrybucji pod kątem konkretnego systemu. Pakiet, oprócz binariów oraz wszystkich niezbędnych plików, zawiera dodatkowe informacje opisujące zawartość archiwum, wersję programu, zależności oraz dodatkowe skrypty niezbędne do poprawnej instalacji. Pakietami zarządza specjalny program zwany menedżerem pakietów, który potrafi zlokalizować najnowszą wersję danego pakietu w dostępnych repozytoriach, zainstalować program oraz znaleźć wszystkie niezbędne zależności. Liczba pakietów w typowej dystrybucji waha się od kilkuset do kilkunastu tysięcy.
Autorskie oprogramowanie stanowi niewielką część wszystkich aplikacji. Najczęściej jest to instalator, skrypty startowe, dodatkowe narzędzia konfiguracyjne specyficzne dla danej dystrybucji oraz menedżer pakietów, aczkolwiek w jego przypadku istnieją projekty menedżerów wykorzystywane przez kilka/kilkanaście dystrybucji, np.