Harry, Ron i Hermiona dowiadują się, że 50 lat wcześniej Komnata została otwarta, w wyniku czego zginęła uczennica z rodziny mugolskiej. Tymczasem petryfikacji ulegają dwaj uczniowie szkoły i duch Prawie Bezgłowego Nicka. Podczas zajęć okazuje się, że Harry posiada rzadką umiejętność mowy językiem węży, kojarzoną powszechnie z Salazarem Slytherinem. Uczniowie zaczynają podejrzewać, że to on otworzył Komnatę Tajemnic.
Harry znajduje w szkole dziennik podpisany nazwiskiem Toma Riddle’a. Otwarłszy go, przenosi się do wizji Riddle’a sprzed 50 lat, z której wynika, że Komnatę otworzył ówczesny uczeń szkoły Rubeus Hagrid. Wkrótce Hermiona zostaje spetryfikowana, a Hagrid, podejrzany o otwarcie Komnaty 50 lat wcześniej, zostaje aresztowany. Harry i Ron znajdują w ręce Hermiony notatkę, według której w Komnacie ukryty jest bazyliszek, zabijający każdego, kto mu spojrzy w oczy. Siostra Rona, Ginny, zostaje uprowadzona. Harry i Ron znajdują wejście do Komnaty, gdzie znajduje się ciało Ginny i żywe, cielesne wspomnienie Riddle’a, który zdradza, że jest Lordem Voldemortem. Riddle opowiada Harry’emu, że 50 lat wcześniej otwarł Komnatę, przekonał innych o winie Hagrida i pozostawił swój dziennik z nadzieją, że dzięki niemu kontynuuje swoją misję. Poprzez dziennik opętał Ginny, która otwarła Komnatę.