Pozycja taksonomiczna tego gatunku na poziomie rodzaju jest nieustalona. Autorzy są zgodni, że należy do tzw. „roju” gatunków z grupy Haplochromis w obrębie „nowoczesnych Haplochromini”. Jacques Pellegrin przyjął go za typ nomenklatoryczny rodzaju Astatotilapia. Wielu autorów optuje za pozostawieniem problematycznego „roju” gatunków w obrębie Haplochromis do czasu opracowania i opublikowania wnikliwej rewizji taksonomicznej całej grupy.
Budowa Haplochromis desfontainii jest podobny do Astatotilapia flaviijosephi z Lewantu i do Astatotilapia burtoni z jeziora Tanganika, co sugeruje, że należy do starej ewolucyjnie linii pielęgnic. Badania DNA sugerują, że należy do głównego kladu obejmującego pielęgnice wschodnioafrykańskie i z dorzecza Nilu. Oddzielenie się linii rozwojowej A. desfontainii od „nowoczesnych Haplochromini” nastąpiło prawdopodobnie w pliocenie.
Maksymalna długość samców sięga 15 cm. Od pozostałych Astatotilapia wyróżnia go duża liczba łusek w linii bocznej: 31–33, w porównaniu do 28–30 u pozostałych. Dymorfizm płciowy jest widoczny w ubarwieniu.