W tym samym roku został przełożonym monasteru Zaśnięcia Matki Bożej w Żyrowiczach jako archimandryta.
Po agresji radzieckiej na Polskę i aneksji ziem wschodnich do ZSRR, 29 czerwca 1940 archimandryta Benedykt został ponownie przyjęty w poczet duchowieństwa Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego.
Działalność na ziemiach białoruskich w czasie II wojny światowej Na prośbę metropolity mińskiego Pantelejmona został 26 marca 1941 nominowany na biskupa brzeskiego, wikariusza eparchii grodzieńskiej, przy zachowaniu dotychczasowych funkcji w monasterze w Żyrowiczach. Jego chirotonia biskupia odbyła się w Moskwie 30 marca 1941 pod przewodnictwem metropolity moskiewskiego i kołomieńskiego Sergiusza.
Biskup Benedykt, razem z metropolitą Pantelejmonem, na żądanie okupacyjnych władz niemieckich rozpoczął tworzenie struktur Białoruskiego Kościoła Prawosławnego. 3 marca 1942 Wszechbiałoruski Sobór Cerkiewny w Mińsku powołał go w skład Synodu tegoż Kościoła, polecając mu zarazem zarządzanie wszystkimi jego strukturami na terenie eparchii grodzieńskiej i białostockiej na prawach egzarchy. Polecono także, by biskup Benedykt uznawał za swojego bezpośredniego zwierzchnika nie metropolitę Pantelejmona, a biskupa berlińskiego i niemieckiego Serafina.