„Katalog zabytków sztuki w Polsce” powiatu nowotarskiego z 1951 roku (opracowany w oparciu o inwentarz zabytków powiatu nowotarskiego sporządzony przez Tadeusza Szydłowskiego w latach 1930–1931) podawał, że w składzie budynku szkolnego w Szlachtowej zachowały się z rozebranej cerkwi ...części struktury oraz kilkanaście pól obrazowych, m.in. Zaśnięcie Matki Boskiej, Deesis, Archanioł; ruskie, w. XVIII. Później pozostałości wyposażenia, m.in. ewangeliarz z 1546 roku, niektóre obrazy i rzeźby, znalazły się w Muzeum Diecezjalnym w Przemyślu. Dzwony z 1694 roku, odlane przez Franciszka Ostrowskiego, zostały zarekwirowane przez wojsko w czasie I wojny światowej.
Paroch (proboszcz obrządku greckokatolickiego) Jan Durkot, przedstawił mieszkańcom Szlachtowej projekt i – mimo protestów części mieszkańców, związanych z przewidywanymi wysokimi kosztami budowy – rozpoczął budowę nowej, murowanej cerkwi w 1895 roku. Projekt przewidywał, że świątynia stanie na planie krzyża greckiego, nad środkową nawą zbudowano okrągłą kopułę. Dwie pozostałe nawy są niższe i symetryczne.
Budowa ciągnęła się latami z powodu jej wysokich kosztów, fundusze zbierano w całej diecezji. W 1907 roku zawaliła się środkowa kopuła na skutek błędu architektonicznego.