Od czasu odkrycia w 1999 Ambondro interpretuje się jako prymitywnego krewnego Tribosphenida (torbacze, łożyskowce i ich wymarli krewni o zębach trybosfenicznych). W 2001 roku opublikowano jednak sugestię łączącą go z kredowym australijskim ausktribosfenos i stekowcami (dziobak, kolczatki i ich wymarli krewniacy) w klad Australosphenida, który miałby rozwinąć trzonowce trybosfeniczne niezależnie od grupy obejmującej torbacze i łożyskowce. Jurajski argentyński Asfaltomylos czy Henosferus i kredowy australijski Bishops zostały również później włączone do Australosphenida. Nowa praca traktująca o zębach przedstawicieli tej grupy podaje w wątpliwość, czy rzeczywiście cechowali się oni uzębieniem trybosfenicznym. Inni paleontolodzy prezentują odmienny pogląd na Australosphenida. Twierdzą, że Ambondro nie jest blisko spokrewniony z grupą zawierającą Ausktribosphenos i stekowce, lub też, że stekowce nie należą do Australosphenida, a pozostałe australosfenidy są blisko spokrewnione z łożyskowcami (kwestionowane jest nawet istnienie grupy australosfenidów).