W 2002 roku powrócił do ojczyzny, gdzie podpisał kontrakt z Club Bolívar, został podstawowym graczem klubu i jeszcze w tym samym sezonie osiągnął z nim pierwszy w karierze tytuł mistrzowski. W sezonie Apertura 2003 zanotował z Bolívarem wicemistrzostwo, natomiast rok później, podczas rozgrywek Apertura 2004, wywalczył kolejne mistrzostwo Boliwii. Po raz trzeci tytuł mistrza osiągnął w sezonie Adecuación 2005, za to w rozgrywkach Apertura 2005 ponownie został wicemistrzem kraju. Kilkakrotnie brał również udział w Copa Libertadores i Copa Sudamericana, jednak w tych turniejach Bolívar nie potrafił osiągnąć większego sukcesu.
Wiosną 2006 Colque wyjechał do Albanii, zostając piłkarzem stołecznego KF Tirana. W tym klubie spędził sześć miesięcy, zdobywając wicemistrzostwo kraju i wygrywając rozgrywki Pucharu Albanii w sezonie 2005/2006, lecz mimo to nie występował regularnie w wyjściowej jedenastce. W późniejszym czasie po raz kolejny wrócił do Boliwii, tym razem do Realu Potosí i w sezonie Apertura 2007 wywalczył z nim pierwszy tytuł mistrzowski w historii klubu. W 2009 roku po raz trzeci w karierze podpisał kontrakt z The Strongest, z którym wziął udział w kilku turniejach międzynarodowych.