21 lipca 2011 objął stanowisko ministra zasobów wodnych i irygacji w gabinecie premiera Isama Szarafa. W listopadzie 2011 zachował je w nowym rządzie Kamala Ganzuriego. W lipcu 2012 razem z prezydentem Muhammadem Mursim wziął udział w szczycie Unii Afrykańskiej w Etiopii.
24 lipca 2012 prezydent Mursi desygnował go na stanowisko szefa rządu. Mianowanie bezpartyjnego technokraty stanowiło zdaniem wielu ekspertów zaskoczenie, tym bardziej, że kandydat nie był szeroko znany opinii publicznej. Kandil zapowiedział stworzenie rządu złożonego ze specjalistów. Jego rząd zaprzysiężony został 2 sierpnia 2012. Zgodnie z zapowiedziami, większość jego ministrów stanowili nowi, mało znani i bezpartyjni technokraci. Stanowiska zachowało siedmiu ministrów z poprzedniego rządu, w tym minister spraw zagranicznych, minister finansów oraz stojący na czele obrony marszałek Muhammad Husajn Tantawi, czworo z ministrów pochodziło z Partii Wolności i Sprawiedliwości prezydenta Mursiego. Hiszam Kandil został najmłodszym premierem Egiptu od 1954.