W 1922 rozpoczął pełnienie obowiązków rektora seminarium wileńskiego, został dodatkowo podniesiony do godności archimandryty.
W 1924 został pozbawiony stanowiska rektora seminarium za poparcie projektu polonizacji seminarium wileńskiego (utrzymującego do tej pory charakter zdecydowanie rosyjski)M. Papierzyńska-Turek, Między tradycją a rzeczywistością. Państwo wobec prawosławia 1918–1939, Państwowy Instytut Wydawniczy, Warszawa 1989, s. 282–284. Utracił także godność przełożonego monasteru Trójcy Świętej i został zaliczony w poczet mnichów monasteru Św. Ducha w Wilnie. W sierpniu 1924 umożliwiono mu powrót do pracy w seminarium w charakterze wykładowcy, a następnie także podjęcie nauczania religii prawosławnej w państwowym gimnazjum im. Adama Mickiewicza. Po kilku miesiącach, w grudniu, Synod PAKP ponownie zwolnił go z pracy w seminarium. W 1925 Filip (Morozow) przeszedł na neounię. Został rektorem neounickiej cerkwi urządzonej w dawnym kościele Augustianów w Wilnie. Rzymskokatolickiemu arcybiskupowi wileńskiemu Romualdowi Jałbrzykowskiemu przedstawił projekt rozwoju misji neounickiej, w którym domagał się zezwolenia na używanie przez konwertytów nazwy prawosławni katolicy, jak również powołania urzędu egzarchy arcybiskupa wileńskiego dla katolików obrządku bizantyjsko-słowiańskiego, względnie urzędu wikariusza generalnego.