Po przybyciu Wiernik nie został od razu zabity, lecz wyselekcjonowany do pracy – początkowo przy transporcie zwłok z komór gazowych do masowych grobów, następnie (ze względu na swoje kwalifikacje jako cieśla) przy budowie baraków, budynku straży i bramy wejściowejJankiel Wiernik Testimony about Treblinka at the Eichmann Trial 1961 .. Uzyskał dzięki temu wstęp na teren zarówno obozu pracy Treblinka I, jak i obozu zagłady Treblinka II. Wykorzystał to, zostając jednym z organizatorów zbrojnego buntu więźniów w Treblince w sierpniu 1943 roku.
Wiernik uciekł podczas buntu 2 sierpnia 1943 roku. Zabiwszy siekierą strażnika i ukrywając się w pociągu towarowym, dostał się do Warszawy. Tam zaopiekowała się nim rodzina Krzywoszewskich, jego przedwojennych pracodawców i zaopatrzyła w fałszywą kenkartę na nazwisko Kowalczyk. O istnieniu naocznego świadka zagłady w Treblince dowiedzieli się członkowie Żegoty i ŻOB, którzy namówili Wiernika do spisania zapamiętanych faktów. Dokument ten wydano na początku 1944 roku jako Rok w Treblince.