Znajdują się tu również rozległe doliny. Najważniejszą rzeką na tym obszarze jest Lerma-Santiago, która przepływa przez środkową część stanu. Inne ważniejsze rzeki to m.in.: San Juan de los Lagos i San Miguel. Znajduje się tu też największe jezioro w Meksyku – Chapala. Na wybrzeżu Pacyfiku znajdują się laguny: San Marcos, Cajititlán, Atotonilco, Zacoalco i Sayula.
W stolicy stanu – Guadalajarze w styczniu średnia temperatura wynosi 16 °C, a w czerwcu 23 °C. Najobfitsze deszcze występują w okresie pomiędzy czerwcem i wrześniem. Średnia roczna opadów wynosi 134 cm. Puerto Vallarta leżące nad oceanem jest cieplejsze, średnia temperatur w styczniu wynosi tu 22 °C, a w czerwcu 28 °C.
W skład fauny roślinnej wchodzą tu takie drzewa jak: mahoniowiec, palisander, drzewa cytrusowe i bananowce oprócz tego występuje tu roślinność bagienna, można też spotkać storczykowate. W chłodniejszych częściach stanu rosną sosny, dęby i jodły. Z rzadszych zwierząt, które występują na terenie stanu, można wymienić: jaguary, wilki, orły i pardwy.
W celu ochrony zasobów naturalnych w Jalisco został utworzony „Rezerwat Biosfery Sierra de Manantlan”.