Jednak bardzo szybko okazało się, że przeznaczony obszar jest zbyt mały w stosunku do potrzeb szybko rozwijającego się miasta, więc w 1893 kolejne 5000 m² przeznaczono na cmentarz prawosławny. Kolejne jej powiększenie, również o 5000 m² miało miejsce w 1902.
Znaczne powiększenie terenu cmentarza przyniosła pierwsza wojna światowa. Wraz z zajęciem miasta przed wojska niemieckie pojawiła się potrzeba zwiększenia części protestanckiej, którą w 1916 poszerzono o 4000 m². W 1915 na terenie cmentarza stanęło także Mauzoleum Żołnierzy Niemieckich we Włocławku poświęcone żołnierzom poległym w czasie walk w okolicach Włocławka. W 1917 powiększono część katolicką o 126 000 m².
Pierwsze dziesięciolecie niepodległości przyniosło dużą liczbę pochówków dokonywanych bez zezwoleń, na co władze miasta zareagowały otoczeniem cmentarza murem ceglanym w 1931. W 1928 dokonano ostatecznej likwidacji mocno zdewastowanego już cmentarza na Zielonym Rynku. Większość nagrobków uległa zniszczeniu, jedynie te najbardziej zabytkowe przeniesiono na nowy cmentarz lub na cmentarze w okolicach Włocławka. Prochy pochowanych znalazły się w zbiorczej mogile na nowym cmentarzu.