27 października 1920 roku został mianowany dowódcą Frontu Południowego. Pod jego dowództwem Armia Rosyjska gen. Wrangla została ostatecznie wyparta z Północnej Taurydy oraz z Krymu. Był to koniec wojny domowej z białymi na froncie południowymP. Kenez: Red Advance, White Defeat. Civil War in South Russia 1919–1920. Washington DC: New Academia Publishing, 2004. , s. 304–307..
Następnie Frunze dowodził w Turkiestanie przeciwko wojskom emiratu bucharskiego, przeciwko oddziałom anarchistycznym Nestora Machny na Ukrainie.
Od marca 1924 był zastępcą komisarza ludowego (ministra) spraw wojennych i morskich Lwa Trockiego oraz szefem sztabu Armii Czerwonej, a od stycznia 1925 – komisarzem ludowym spraw wojennych i morskich, a także przewodniczącym Rady Wojskowo–Rewolucyjnej ZSRR (Реввоенсовет СССР). Kandydaturę Frunzego, który zastąpił Trockiego na stanowisku komisarza ludowego spraw wojennych popierali w Biurze Politycznym RKP(b) Grigorij Zinowjew i Lew Kamieniew, ówcześnie w sojuszu politycznym ze Stalinem, przy oporze tego ostatniego. Nominacja Frunzego oznaczała upadek Trockiego – twórcy Armii Czerwonej i głównodowodzącego w latach 1918–1925. Frunze sformułował podstawy radzieckiej doktryny wojennej oraz zakończył reformę wojska – komisarze polityczni zostali przekształceni w zastępców dowódcy bez prawa dowodzenia.