Konflikty religijne rozgrywające się na terenach Europy i Śląska w XVI w. nie ominęły Głogowa. W wyniku starć fara została przejęta w 1581 roku przez protestantów. Po ok. 100 latach kościół ostatecznie wraca do rąk kościoła katolickiego, jednak nie bez uszczerbku. W wyniku wojny trzydziestoletniej uległ sporym uszkodzeniom, co przyczyniło się do trwającej 21 lat odbudowy. Kolejny raz kościół został zniszczony w 1758 w trakcie wojen śląskich. Ruiny świątyni były wówczas wykorzystywane jako magazyn mąki i soli. W czasie II wojny światowej kościół ucierpiał w wyniku ostrzału, a następnie uległ pożarowi. Do dzisiaj pozostaje w stanie ruiny.
Kalendarium 1230–1250 – budowa świątyni romańskiej 1291 – pożar kościoła rozbieżności źródłowe budowy kościoła gotyckiego obejmują okres ok. 100 lat 1332 – biskup Nankier zakłada przy kościele szkołę parafialną 7 maja 1420 r. – pożar niszczy wnętrze kościoła z ołtarzem głównym, amboną i ławkami. 1429 – przy kościele powstaje kaplica loretańska 6 sierpnia 1438 r. (1431?) – pożar kościoła oraz całego miasta podczas uroczystości odpustowych 1473 – w wieżę uderza piorun niszcząc jej wnętrze 1489 – w pożarze miasta zniszczony zostaje również kościół parafialny 1567 – odbudowa zniszczonej piorunem drewnianej części wieży 1581–1602 – kościół zostaje przejęty przez protestantów.