Gdy Xavi wrócił z Mistrzostw Świata U-18, ówczesny trener FC Barcelony, Louis Van Gaal zaczął go regularnie wystawiać w pierwszym zespole. W pierwszej drużynie zadebiutował 18 sierpnia 1998 w meczu o Superpuchar Hiszpanii przeciwko RCD Mallorca, strzelając także bramkę. W następnych rozgrywkach stał się pierwszym rozgrywającym drużyny przez większą część sezonu, zastępując kontuzjowanego Josepa Guardiolę. Kiedy Guardiola odszedł, władze klubu uznały, że nie ma potrzeby sprowadzać nowego zawodnika i na pozycji środkowego pomocnika wystawiany był Xavi.
W sezonie 2005/2006 świętował ze swoim zespołem zdobycie tytułu Mistrza Hiszpanii, a także zwycięstwo w Lidze Mistrzów UEFA. W sezonie 2008/09 Xavi wygrał z Barceloną w rozgrywkach La Liga, Pucharu Króla i w Lidze Mistrzów. W sezonie 2009/10 zdobył z klubem Superpuchar Hiszpanii, Superpuchar Europy i Klubowe Mistrzostwo Świata. W sezonie 2010/11 ponownie zwyciężył z klubem w La Liga i Lidze Mistrzów.
25 kwietnia 2015 rozegrał swój pięćsetny mecz w La Liga, zmieniając Andrésa Iniestę w 88. minucie derbów Barcelony z RCD Espanyol.