1 lutego 2017 podpisał półtoraroczny kontrakt z opcją przedłużenia o następny rok z drużyną Wisły Kraków. thumb|left|Jakub Bartkowski odbiera medal za zdobycie III miejsca w Ekstraklasie w sezonie 2020/2021 11 stycznia 2019 dołączył do Pogoni Szczecin. W sezonie 2020/2021 zajął z tą drużyną III miejsce w Ekstraklasie, zdobywając tym samym swój pierwszy medal w karierze. W kwietniu 2021 przedłużył swój kontrakt z Pogonią o kolejne dwa lata. 2 stycznia 2023 został piłkarzem Lechii Gdańsk, podpisując kontrakt do czerwca 2025.
Kariera klubowa Stan na 9 stycznia 2022 r.
Młoda Ekstraklasa Klub Sezon Liga SumaMeczeBramki Widzew Łódź2010/11 Młoda Ekstraklasa29 12011/12 Młoda Ekstraklasa8 02012/13 Młoda Ekstraklasa4 0 Ogółem 41 1
Seniorska Klub Sezon Liga Liga Puchar PolskiEuropaObejmuje: Liga Konferencji Europy UEFA SumaMeczeBramkiMeczeBramkiMeczeBramkiMeczeBramki Widzew Łódź2011/12 Ekstraklasa22 0 2 0– 24 02012/13 Ekstraklasa19 0 1 0– 20 02013/14 Ekstraklasa13 0 2 0– 15 0 Ogółem w Widzewie5405000590 Wigry Suwałki2013/14II Liga120 ––1202014/15I Liga31030–3402015/16I Liga31120–3312016/17I Liga17240–212 Ogółem w Wigrach91390001003 Wisła Kraków2016/17Ekstraklasa20 ––202017/18Ekstraklasa172 ––1722018/19Ekstraklasa18110–191 Ogółem w Wiśle3731000383 Pogoń Szczecin2018/19Ekstraklasa130