W związku z tym odmówił stanowiska dyrektora szkoły w Zittau. Starał się nakarmić żonę i siedmioro dzieci. Jednak zrezygnował z pieniędzy za publikację jego książki, aby były dostępne dla dzieci w szkole. W 1819 objął funkcję kantora i organisty w Lipsku. Mimo ubóstwa Anschütz cieszył się szacunkiem i uznaniem w kręgach zamożnych kupców i księgarzy lipskich. Pracował przez 50 lat w Lipsku jako nauczyciel i organista, napisał zebrane w tym czasie teksty i melodie pieśni. Jego najsłynniejsza pieśń O Tannenbaum była pierwotnie pieśnią Joachima Augusta Zarnacka o niewiernym kochanku. Anschütz w 1824 przepisał kolędę, zachowując pierwszą zwrotkę oraz dopisał dwie kolejne zwrotki piosenki. Ernst Anschütz zmarł w dniu 18 grudnia 1861 w rodzinnym Lipsku. Pochowany został w Nowym Cmentarzu Świętego Jana. W dniu jego narodzin ulica została nazwana jego imieniem.
Dzieła Pieśni Alle Jahre wieder (autor tekstu: Wilhelm Hey) Alle meine Entchen Auf dem grünen Rasen Ei, ei, ei, ihr Hühnerchen Ein Männlein steht im Walde (autor tekstu: Hoffmann von Fallersleben) Es klappert die Mühle am rauschenden Bach (muzyka: Carl Reinecke) Fuchs, du hast die Gans gestohlen (1824) O Tannenbaum (1824) O Weihnachtszeit Wenn ich ein Vöglein wär Wer hat die schönsten Schäfchen