9 lipca 1940 jego ojciec na podstawie donosu obywateli narodowości żydowskiej został aresztowany przez funkcjonariuszy NKWD. Początkowo przebywał w więzieniu w Mołodecznie, gdzie Tadeusz odwiedził go w marcu 1941. Decyzją trzyosobowego kolegium z dnia 22 marca 1941 na podstawie art. 72 i 74 Kodeksu Karnego Białoruskiej SRR został skazany na karę ośmiu lat pozbawienia wolności za swoją działalność niepodległościową oraz udział w walkach z Armią Czerwoną. Początkowo karę odbywał w Uchtiżemłagu w Komi ASRR. Z kolei został zesłany do Buzułuku w obwodzie czkałowskim, następnie do łagru w miejscowości Turtkul w Karakałpackiej ASRR w Uzbekistanie. Po ośmiu miesiącach wyczerpującej pracy w łagrze zmarł w tej miejscowości w dniu 7 stycznia 1942. Rodzina dowiedziała się o tym fakcie dopiero po zakończeniu wojny. Postanowieniem Prokuratury Białoruskiej SRR z 13 czerwca 1989 Zdzisław Przegaliński został zrehabilitowany.
W październiku 1940 Przegalińscy jako rodzina wroga narodu radzieckiego – decyzją administracyjną władz radzieckich zostali wysiedleni z zajmowanego majątku Malinowszczyzna. Zamieszkali w miejscowości Turzec, następnie w jeszcze gorszych warunkach we wsi Bojary.