Kariera reprezentacyjna W seniorskiej reprezentacji Gwatemali Thompson zadebiutował 24 marca 2001 w przegranym 1:3 meczu towarzyskim z Trynidadem i Tobago. Kilka tygodni później znalazł się w składzie na Puchar Narodów UNCAF, w którym jego drużyna narodowa ostatecznie zatriumfowała, a on sam rozegrał trzy spotkania. W 2002 roku został za to powołany na Złoty Puchar CONCACAF, gdzie wystąpił we wszystkich dwóch meczach, jednak Gwatemalczycy nie zdołali wyjść z grupy. Rok później po raz kolejny wziął udział w Pucharze Narodów UNCAF, tym razem czterokrotnie pojawiając się na placu gry – jego kadra zajęła wówczas drugie miejsce w rozgrywkach.

W tym samym 2003 roku Thompson został powołany przez meksykańskiego selekcjonera Víctor Manuela Aguado na kolejny Złoty Puchar CONCACAF, gdzie podobnie jak przed dwunastoma miesiącami Gwatemala odpadła w fazie grupowej, za to sam zawodnik wystąpił w dwóch meczach. Był kluczowym piłkarzem reprezentacji podczas eliminacji do Mistrzostw Świata 2006, kiedy to rozegrał aż siedemnaście spotkań, nie zdobywając bramki, jednak Gwatemalczycy nie zakwalifikowali się na mundial.