W 1999 roku firmy SuSE oraz IBM rozpoczęły prace nad wersją Linuksa dla serwerów typu mainframe. Pierwsza wersja SLES została wydana 31 października 2000 roku w wersji na maszynę IBM S/390. W grudniu 2000 roku upubliczniono informację o pierwszej, poważnej korporacji (TeliaSonera), która zastąpiła 70 serwerów Sun z systemem Solaris, jednym serwerem typu mainframe z zainstalowanym systemem SUSE Linux Enterprise Server, wówczas w wersji 7. Ta wersja, w kwietniu 2001 roku, po raz pierwszy ukazała się na platformę x86.
Wersja 8. SUSE Linux Enterprise Server zastąpiła SLES 7 w listopadzie 2002 roku.
SLES w wersji 9 został wydany w 3 sierpnia 2004 roku, a ostatni Sevice Pack 4 (SP4) do tej wersji ukazał się 12 grudnia 2007 roku. Wersja 9 wspierała głównych dostawców sprzętu i serwerów: Dell, Fujitsu Siemens Computers, HP, IBM, Lenovo, SGI i Sun. Od 2004 r., SLES 9 zainstalowany jest na superkomputerze Columbia w agencji NASA.