Pierwotnie prezbiterium było odgrodzone od nawy przez lektoriumAndrzej Grzybkowski, Gotycka Architektura Murowana w Polsce, Wydawnictwo Uniwersytetu Warszawskiego, Warszawa 2014, s.41. Detal architektoniczny prezbiterium - półośmioboczne podpory i nadwieszone służki wiązkowe, w zakrystii wsporniki - wskazuje, że budowniczowie pochodzili z obszaru morawsko-czeskiego. Później od prezbiterium powstała trójnawowa hala korpusu dobudowana do prezbiterium w XIV wiekuJacek Kowalski, Gotyk wielkopolski. Architektura sakralna XIII-XVI wieku, Poznań 2010, s. 31-32.
W 1537 i 1559 roku obiekt został zniszczony w wyniku pożaru. Pod koniec XVI wieku rozpoczęto odbudowę, którą zakończono w 1632 roku, gdy dokonano ponownej konsekracji odbudowanego kościoła. W 1637 roku rozbudowano klasztor w stylu barokowym, a w 1640 dobudowano do kościoła dzwonnicę.
W 1798 roku Prusacy usunęli franciszkanów, a kościół uległ dewastacji. Sam klasztor Prusacy zamienili na więzienie i przebudowali. W 1858 roku zlikwidowano więzienie i ponownie do klasztoru wrócili zakonnicy. W 1864 roku przeprowadzono restaurację świątyni. W 1902 roku władze rosyjskie zamknęły klasztor.