16 dotarł do Gdańska pociąg z Bydgoszczy, którym przyjechał ówczesny król Prus Fryderyk Wilhelm IV.
Budynek dworca otrzymał – zgodnie z panującą w ówczesnej architekturze modą – formę historyzującą, nawiązującą do gotyku angielskiego. Był to dwupiętrowy budynek z wiatą. W latach 1871–1872 przebudowano wnętrza. W 1886 dworzec uzyskał połączenie tramwajem konnym z centrum i Targiem Rybnym (zob. tramwaje w Gdańsku).
W 1884 roku na północ od stacji, wzdłuż ulicy Chmielnej na Wyspie Spichrzów poprowadzono tor dla pociągów towarowych, tzw. Kolej Spichrzową. Drugim odgałęzieniem od stacji była linia towarowa zbudowana w 1893 r. w kierunku Dolnego MiastaiBedeker..
Trasa kolejowa Gdańsk-Tczew miała charakter linii lokalnej (jednotorowa), pasażerowie jadący do Berlina czy Królewca w Tczewie musieli przesiadać się do pociągów dalekobieżnych. W 1888 rozpoczęto budowę drugiego toru kolejowego, jednak został on skończony dopiero w latach 1909–1911.