Pozostałości odnalezionej ceramiki wskazują, że osada istniała z przerwami do końca wczesnej epoki brązu (III tysiąclecie p.n.e.). Położony w północnej części wzgórza cmentarz był użytkowany od epoki brązu do czasów bizantyjskich. Najstarsze odkryte nagrobki kanaanejskie pochodzą z XX-XVI wieku p.n.e..
Po podboju Bet Sze’an przez egipskiego faraona Totmesa III (XV wiek p.n.e.), miasteczko zostało przekształcone w centrum administracji regionu. Zostało ono wówczas wymienione w liście zdobytych miast (świątynia Amona w Karnaku) oraz w listach z Amarny. Egipcjanie zmienili organizację miasta i pozostawili po sobie wiele śladów kultury materialnej. Odkryto pozostałości dużej świątyni z tego okresu (39 metrów długości). Odnalezione artefakty wskazują, że była ona poświęcona kananejskiemu bogowi Mekalowi. Prawdopodobnie świątynię wybudowano w miejscu starszej. Z innych obiektów odkryto mały pałac egipskiego namiestnika, duży budynek administracyjny, stele i pomnik. Najazdy ludów Morza zakończyły panowanie egipskie w Kanaanie. Prawdopodobnie w drugiej połowie XIII wieku p.n.e. ziemie te zajęły koczownicze plemiona izraelitów. Około 1100 roku p.n.e. zdobyli je Filistyni, którzy wykorzystywali je do dalszego podboju Starożytnego Izraela. Około 1007 roku p.n.e.