W pierwszym sezonie – Invierno 1999 – wywalczył z nim wicemistrzostwo Meksyku, natomiast w 2001 roku zdołał dotrzeć do finału Copa Libertadores. Tam w dwumeczu jego drużyna nie sprostała jednak w serii rzutów karnych argentyńskiemu Boca Juniors, a sam Pinheiro przestrzelił decydującą jedenastkę. Ogółem w Cruz Azul zdobył 27 bramek w 131 spotkaniach.
Latem 2003 Pinheiro, niemieszczący się już w podstawowym składzie Cruz Azul, przeszedł do prowadzonego przez Meksykanina Javiera Aguirre hiszpańskiego klubu CA Osasuna. W Primera División zadebiutował 14 września w wygranym 1:0 meczu z Atlético Madryt i w 89. minucie tego pojedynku otrzymał drugą żółtą i w konsekwencji czerwoną kartkę. W klubie z Pampeluny spędził pół roku, rozgrywając sześć ligowych pojedynków, jednak aż pięć z nich w roli rezerwowego. W 2004 roku powrócił do Meksyku, gdzie podpisał umowę z Club Atlas, a później został piłkarzem brazylijskiego Ponte Preta z miasta Campinas, derbowego rywala swojego byłego klubu, Guarani FC.