On sam został ciężko ranny w nogi i brzuch. Hoffmann był hospitalizowany w Madrycie przez kilka miesięcy później został przeniesiony do kliniki w Eaubonne we Francji. Przebywał tam od 1938 do 1939 roku. Od kwietnia 1939 do listopada 1940 był na wypoczynku i rekonwalescencji w Związku Radzieckim. Począwszy od marca 1941, uczęszczał na specjalny kurs Kominternu w Puszkino, na północny zachód od Moskwy.
W styczniu 1946 powrócił do Berlina gdzie został współpracownikiem Wilhelma Piecka, a później Waltera Ulbrichta. Od 1950 aż do śmierci, Heinz Hoffmann był członkiem parlamentu i członkiem Komitetu Centralnego Socjalistycznej Partii Jedności. Począwszy od 1949 Hoffmann był zaangażowany w tworzenie niemieckich sił zbrojnych. Był pierwszym wiceprezesem niemieckiej administracji spraw wewnętrznych i szefem departamentu kultury politycznej w randze Generalnego Inspektora. W 1950 Hoffmann został powołany na stanowisko szefa Głównego Zarządu Kształcenia (HVA). W latach 1955–1957 przebywał w Związku Radzieckim. Po powrocie, pracował od 1957 do 1960 jako pierwszy wiceminister Obrony Narodowej, a od 1958 do 1960 pełnił funkcję szefa sztabu. W 1959 został awansowany do stopnia generała pułkownika, a w 1961 do generała armii.