W 1694 roku Zerneke rozpoczął studia teologiczne w Lipsku. Podczas studiów odbywał wyprawy po dzisiejszych Niemczech, Niderlandach, Belgii, Wielkiej Brytanii, Austrii i Węgier. Planował również wizytę we Francji. W Wiedniu pozyskał egzemplarz XVI-wiecznej księgi Reci z mudrcu pohanskych jakoż i z Petrrky vybrane a prelozone Jana Češki. Z nieznanych powodów w listopadzie 1697 roku Zerneke porzucił studia teologiczne na rzecz prawniczych i filozoficznych w Rostocku. W 1698 roku ukazała się Rozprawa Jacoba Heinricha Zerneckego z czasu studiów, będąca streszczeniem dysputy teologicznej.
W 1699 roku osiadł w Toruniu. 30 grudnia 1699 roku został sekretarzem Rady Miejskiej. Do jego zadań należało prowadzenie protokołów czynności rady miejskiej, a także reprezentowanie jej w sądach i na sejmikach. Podczas III wojny północnej dwukrotnie (1701 i 1702) powierzono mu zadanie doprowadzenia wystawianych przez Toruń żołnierzy na przegląd sił zbrojnych województwa chełmińskiego. Podczas oblężenia Torunia w 1703 roku wraz z Janem Baumgartenem bezskutecznie prosił wojska szwedzkie o zaniechanie ostrzału domów prywatnych. Wykorzystując fakt, że Szwecja była krajem protestanckim, obaj podkreślali, że w wyniku ostrzałów giną ewangelicy oraz są niszczone ich świątynie. W 1706 roku zrezygnował ze stanowiska sekretarza.