Po mobilizacji w sierpniu 1939 roku otrzymał przydział do 16 pułku piechoty Ziemi Tarnowskiej. W jego składzie, jako naczelny lekarz, uczestniczył w działaniach kampanii wrześniowej. Po złożeniu broni przez jednostkę 20 września został wzięty do niewoli i osadzony w obozie przejściowym w Bochni. Zwolniony 6 października, został skierowany do Tuchowa, gdzie wraz z sześcioma innymi lekarzami miał się zająć przeciwdziałaniem epidemiom dyzenterii i tyfusu plamistego. Został kierownikiem miejscowego ośrodka zdrowia, od 1942 roku szpitala epidemicznego. W konspiracji przyjął pseudonim „Lechita”. Był szefem sanitarnym tarnowskiego Inspektoratu Armii Krajowej, prowadził szkolenia dla partyzanckich sanitariuszy, sam udzielał pomocy medycznej rannym i ukrywał ich na terenie podległego szpitala. Dwukrotnie aresztowany przez gestapo, był jednak wkrótce zwalniany.