Po śmierci Tyberiusza Flakkus miał poważne obawy przed nowym władcą, Kaligulą, który rozpoczął zemstę na oskarżycielach, mimo ogłoszonej amnestii dla dawnych wrogów rodziny cesarskiejSwetoniusz, Kaligula 15..
Prefektura w Egipcie Według Filona, przez pierwsze pięć lat sprawowania władzy Egipcjanie nie mieli większych powodów do narzekań, choć bunty w Egipcie i w samej Aleksandrii zdarzały się dość systematycznie. Flakkus popadł w konflikt z dwoma politycznymi liderami Aleksandrii, Izydorem i Lamponem. Źródła epigraficzne i papirologiczne potwierdzają informacje FilonaInskrypcja ze świątyni Afrodyty w Dendera, prawdopodobnie z 35 roku n.e.(Orientis Graeci inscriptiones selectae 661). Ostrakon z aktem kupna z 34 roku n.e. (Grundzüge und Chrestomathie der Papyruskunde I 2,414). Edykt Flakkusa z 34 lub 35 roku n.e. (Grundzüge und Chrestomathie der Papyruskunde 13,22-24). Inskrypcja ze świątyni Hibis z oazy el-Khargeh z 6 lipca 68 roku n.e. (Orientis Graeci inscriptiones selectae 669).. To właśnie na Flakkusie ciążyła odpowiedzialność za pogrom Żydów. Filon później napisze: