W 1939 roku, rozgrywki kończy jednak na ostatnim, spadkowym miejscu.
Okres powojenny W okresie kwietnia-sierpnia 1945 roku, kiedy jeszcze kształtowały się władze PozOZPN, KS Stella Gniezno wznowił działalność. PozOZPN zarejestrował w tym czasie 69 klubów piłkarskich i natychmiast przystąpił do eliminacji, celem przydzielenia zespołów do poszczególnych klas rozgrywkowych. Stella Gniezno została zakwalifikowana do Kl "B", w której znalazł się też inny klub gnieźnieński KKS (Kolejowy Klub Sportowy). W okresie stalinowskiej "unifikacji sportu" 1948/1949 Stellę przydzielono do Zrzeszenia Sportowego "Spójnia". Drużyna była już na tyle silna, że grała w Kl "A", a kiedy 1953 roku, utworzono ligę międzywojewódzką (ówczesną III ligę) Spójnia do niej awansowała. W lidze międzywojewódzkiej grała przez trzy sezony, zajmując kolejno: w 1953 r. - 6. miejsce, w 1954 r. - 9. miejsce, w 1955 (już pod nazwą Sparta) - 10 miejsce. W 1956 roku, zlikwidowano ligę międzywojewódzką, a w jej miejsce utworzono ligę okręgową (nadal jest to III szczebel rozgrywek), w której tym razem KKS Stella Gniezno zajęła - 9. miejsce. W 1957 drużyna Stelli gra bardzo słabo i ostatecznie kończy sezon na - 11. miejscu i wraz z Spartą Szamotuły spada do kl. "A". W sezonach 1958-1965/1966 drużyna Stelli gra z różnym powodzeniem w Kl "A".