W efekcie ostatniego z nich doszło do unii brzeskiej, której jednym z głównych architektów był ówczesny biskup włodzimierski i brzeski Hipacy Pociej. Zlikwidowano wówczas eparchię prawosławną, a w jej miejsce utworzono unicką diecezję włodzimierską, która przejęła większość parafii i cerkwi poprzedniej diecezji prawosławnej. Miejscowi dyzunici, wśród których czołową rolę odgrywały brzeskie bractwa cerkiewne oraz Atanazy Brzeski, ihumen monasteru św. Symeona, uznawali zwierzchnictwo prawosławnych biskupów łuckich, mohylewskich i mińskich.
Patriarchat Moskiewski Na podstawie rozejmu w Andruszowie i traktatu Grzymułtowskiego prawosławni w Rzeczypospolitej Obojga Narodów znaleźli się pod protektoratem Rosji, a w 1686 patriarcha Konstantynopola oficjalnie uznał przejęcie jurysdykcji nad nimi przez Patriarchat Moskiewski. Tymczasem w ramach greckokatolickiej diecezji włodzimierskiej w 1765 utworzono biskupstwo brzeskie, które po III rozbiorze Rzeczypospolitej (1795) i podziale terytorium diecezji włodzimiersko-brzeskiej między monarchię Habsburgów, Imperium Rosyjskie i Królestwo Prus zostało skasowane. W 1798 powołano jednak samodzielną unicką diecezją brzeską.