Latem 2011 powrócił do Águili, z którą w rozgrywkach Clausura 2012 osiągnął kolejne mistrzostwo kraju.
Kariera reprezentacyjna W seniorskiej reprezentacji Salwadoru Anaya zadebiutował 7 października 2006 w przegranym 0:1 meczu towarzyskim z Panamą. Premierowego gola w kadrze narodowej strzelił za to 22 sierpnia 2007 w wygranym 2:0 sparingu z Hondurasem. W tym samym roku został powołany na Złoty Puchar CONCACAF, gdzie jego drużyna nie zdołała wyjść z grupy. Był podstawowym piłkarzem Salwadoru podczas eliminacji do Mistrzostw Świata 2010, podczas których wpisał się na listę strzelców w wygranej 3:1 konfrontacji z Panamą, jednak nie zakwalifikował się na mundial.
W 2011 Anaya ponownie znalazł się w składzie na Złoty Puchar CONCACAF, na którym tym razem dotarł do ćwierćfinału. Wziął także udział w eliminacji do Mistrzostw Świata 2014, gdzie zdobył dwie bramki w wygranym 4:1 pojedynku z Kajmanami.
Afera korupcyjna
Luis Anaya został dożywotnio zawieszony przez Federację Salwadoru (FESFUT) wraz z 13 innymi reprezentantami tego kraju za udział w ustawianiu meczów. Zawodnicy mieli dopuścić się czynów korupcyjnych co najmniej przy czterech meczach międzynarodowych.