Ponadto 31 maja 1944 ożenił się z Elizabeth Kalliną, pół–żydowską aktorką, co jeszcze bardziej zagroziło jego życiu. Ich córka, Elinore, urodziła się w 1944. Młoda rodzina spędzała większość czasu w lasach wiedeńskich, ukrywając się przed Rosjanami i Niemcami po ostrzale miasta.

Pojawił się na ekranie w dramacie Pieniądze spadają z nieba (Geld fällt vom Himmel, 1938) i jako windziarz w Hotel Sacher (1939). Zwrócił na siebie uwagę jako protagonista Guy Montag w dramacie fantastycznonaukowym François Truffauta Fahrenheit 451 (1967). Na początku lat 70. Werner powrócił na scenę i podróżował po Izraelu, Włoszech, Malcie, Francji i Stanach Zjednoczonych. Pojawił się w odcinku Columbo zatytułowanym „Playback” (1975), a rok później zagrał postać profesora Egona Kreislera w dramacie Stuarta Rosenberga Przeklęty rejs (Voyage of the Damned, 1976), za którą otrzymał kolejną nominację do Złotego Globu dla najlepszego aktora drugoplanowego.

W 1953 doszło do rozwodu z Elizabeth Kalliną. W latach 1954–1968 jego żoną była Ann Power, córka francuskiej aktorki Annabelli i adoptowana córka Tyrone’a Powera. Od 1965 do 1969 był w związku z Dianą Bennett Wanger, córką aktorki Joan Bennett, z którą miał syna Felixa Floriana (ur. 1966).